Die Merkensteinerhöhle, am Fuße der Burgruine Merkenstein ragt zirka 72 Meter tief in den Burgfelsen hinein und ist etwa 15 Meter hoch. Interessant ist, dass sie durch eine Art Schlot mit der Burgküche in Verbindung steht. Seit dem Beginn ihrer höhlenkundlichen Erforschung im Jahre 1921 wurden immer wieder mehrere bedeutsame archäologische Funde zu Tage gefördert die bis in die Jungsteinzeit zurückführen.

Fossilie Funde die bis in die Eiszeit zrückgehen, wie zum Beispiel von Höhlenbären, Höhlenlöwen, und Höhlenhyanen konnten ebenso gemacht werden.

In Kriegsjahren wurden die Höhle als Zufluchtsstätte genutzt